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        主頁 &amp;gt; 技術服務 &amp;gt; 動植物單細胞轉錄組測序

        10xGenomics單細胞轉錄組測序


        10xGenomics單細胞轉錄組測序

        服務介紹:

        10x Genomics 單細胞轉錄組測序(Single Cell RNA-seq) 是基于油包水液滴進行單細胞分離,并針對單個細胞內的mRNA 進行擴增和高通量測序的一項新技術。單細胞表達譜的繪制能夠完美地揭示細胞間基因表達的異質性,從復雜生物樣本中發現稀有細胞類型。

        10x Genomics 單細胞轉錄組測序適用于絕大部分細胞類型,并且被廣泛應用于組織單細胞轉錄組圖譜、發育與細胞分化、細胞共同演化起源等方向。

        技術參數及分析內容


        技術優勢


           • 高通量單細胞分析方法中具有最高的靈敏度、準確性和一致性
           • 能夠實現快速分選,一次可對1000-10000個細胞進行建庫
           • 具有極高的靈敏度,細胞捕獲效率高達65%
           • 實驗流程簡單,細胞大小選擇更靈活
           • 雙細胞比例僅為0.9%/1000個細胞
           • 同時適用于單核轉錄組測序

        技術路線


        經典案例解讀

        1、Single-cell RNA sequencing resolves molecular relationships among individual plant cells

        題目:單細胞RNA測序解析單個植物細胞之間的分子關系

        發表期刊:Plant Physiology

        發表時間:2019-2-4

        影響因子:5.949

            單細胞RNA測序(scRNA-seq)已廣泛用于研究動物細胞特異性基因表達,但尚未廣泛應用于植物。本研究報道了一種基于商用液滴微流體平臺(10x Genomics)的高通量scRNA-seq方法,從超過10000個擬南芥根細胞原生質體中獲得單細胞轉錄組。研究發現,所有主要組織和發育階段都存在于這種單細胞轉錄組群體中。此外,還鑒定了不同的亞群和稀有細胞類型,包括可能的靜態中心細胞。根表皮細胞轉錄組的集中分析定義了從分生組織到根毛和非毛細胞分化成熟階段的各個細胞的發展軌跡。此外,單細胞轉錄組是從根表皮突變體中獲得的,能夠以單細胞分辨率對基因表達進行比較分析,并對突變基因的影響提供了前所未有的視角??偟膩碚f,這項研究證明了scRNA-seq在植物中的可行性和實用性,并提供了單細胞分辨率下擬南芥根的第一代基因表達圖譜。

        圖1、野生型擬南芥根單細胞轉錄組的分離和聚類分析

        2、Single-cell transcriptome provides novel insights into antler stem cells,a cell type capable of mammalian organ regeneration

        題目:單細胞轉錄組為鹿茸干細胞這類可使哺乳動物器官再生的細胞提供新的見解

        發表期刊:Functional & Integrative Genomics

        發表時間:2019-1-23

        影響因子:3.889

            鹿角再生是一種基于干細胞的表面再生過程,有潛力成為再生醫學的一個有價值的模型。用于鹿茸發育的鹿茸干細胞庫位于鹿茸骨膜中。然而,這個ASC庫是同質的還是異質的還并不十分清楚。在本文中,研究者首次使用10x Genomics平臺,通過單細胞轉錄組測序方法(scRNA-seq)對鹿茸干細胞進行了測定。共有4565個鹿茸干細胞被測序并組成一個大的細胞群,這表明在AP的ASC可能是一個同質群體。scRNA-seq數據顯示,腫瘤相關基因在這些同質ASCs中高度表達。對干細胞標記物的篩選結果表明,干細胞可能被認為是胚胎干細胞(CD9)和成體干細胞(CD29、CD90、NPM1和VIM)之間的一種特殊類型的干細胞。本研究結果第一次在單細胞水平上對鹿茸干細胞轉錄組進行了綜合分析,并且只鑒定出了鹿茸骨膜中的一種主要細胞類型和一些關鍵的干細胞基因,這可能是為什么鹿角這種獨特的哺乳動物器官一旦丟失就能完全再生的關鍵。

        測序數據及細胞質控統計結果

        質控前(上圖)和質控后(下圖)細胞表達量統計結果

        tSNE聚類圖

        聚類間差異倍數最高top10的標記基因表達量熱圖

        標記基因在聚類中高表達分布圖

        標記基因在聚類中表達量小提琴分布圖

        擬時軌跡分析圖

        不同分辨率下的tSNE聚類圖展示

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