• <code id="6xtkq"><small id="6xtkq"></small></code>
    <center id="6xtkq"><em id="6xtkq"><track id="6xtkq"></track></em></center>
    1. <th id="6xtkq"></th>
      <center id="6xtkq"><small id="6xtkq"></small></center>
      <tr id="6xtkq"></tr>
      <code id="6xtkq"></code>

    2. <code id="6xtkq"></code>
      <code id="6xtkq"><em id="6xtkq"><track id="6xtkq"></track></em></code>

        咨詢熱線:400-065-6886   天昊基因

        中文 / English

        主頁 &amp;gt; 技術服務 &amp;gt; 動植物線粒體/葉綠體測序

        動植物線粒體/葉綠體測序

        動植物線粒體/葉綠體測序

        技術簡介:

               線粒體是細胞中制造能量的細胞器,葉綠體是綠色植物進行光合作用的細胞器,因此線粒體與葉綠體都是細胞內進行能量轉換的場所,兩者均為半自主性細胞器,均具有自身的遺傳物質和遺傳體系。線粒體DNA(mtDNA)因獨有的母系遺傳模式和較高的突變頻率, 已被廣泛用于生物進化,群體結構,疾病診斷,法醫等方面的研究。而葉綠體DNA(cpDNA)在揭示物種起源、生物進化及不同物種之間的親緣關系等方面也具有很重要的作用。二代測序可以簡便快速、高通量獲得線粒體/葉綠體DNA 序列信息,因此動植物線粒體/葉綠體測序在進化生物學研究,疾病診斷和法醫學領域都具有十分重要的應用價值。

        技術優勢:

              實驗方案靈活:客戶根據不同需求,采取合適的測序方案實驗體系嚴格:從DNA抽提和質檢,到文庫構建和上機測序有嚴格的實驗流程,從而保證了數據的高精準度分析團隊強大:擁有強大的生物信息團隊,除提供標準生物信息服務外,還提供個性化的生物信息服務
              團隊經驗豐富:已經完成多種物種的線粒體/葉綠體隨即測序,天昊客戶1種SCI期刊+1年半時間+7篇文章。

        技術策略及適用范圍:



        • 一代Sanger測序

        通常針對葉綠體和線粒體特征基因擴增后的產物進行測序,以及對二代隨機測序中存在的較小片段Gap進行補測成環。

        • 二代Illumina隨機測序

        通常為絕多數動物類線粒體,和相對較小的葉綠體、線粒體基因組。

        • 三代PacBio長片段測序

        a) 主要針對擁有較大線粒體、葉綠體基因組情況,并且重復區域等較多,結構復雜,導致測序覆蓋度差,只用二代隨機測序無法成環且無法用一代測序補Gap的情況。

        b) 無高質量葉綠體、線粒體參考基因組,適用近緣物種參考基因組無法成環情況。

        技術參數


        技術參數


        測序方案 樣本要求 方式 數據要求 優勢 劣勢 特點
        對Total DNA樣品進行測序
         
        • 類型:無降解,無污染的DNA
        • 總量:>1μg
        • 濃度:>20ng/μL;
        • 純度:OD260/280=1.7-2.0
        • Hiseq 2×150
        • Q30>80%
        • Raw data:Illumina隨機測序數據量:2 G/樣 PacBio SMRT測序:>100X
        • Hiseq 2×150
        • 樣本要求低實驗流程簡單實驗周期短
        • 有效率受樣本基因組大小和細胞器拷貝數影響較大,隨機性較高
        • 適用于有近緣物種線粒體或者葉綠體的參考序列

        技術路線及分析內容

        二代隨機測序技術路線



        三代PacBio測序技術路線


        <


        <

        經典文章解讀

        Characterization of the complete chloroplast genome of Cephalotaxus sinensis (Cupressales: Taxaceae), an endangered Tertiary relict tree endemic to China

        題目:中國第三紀特有孑遺種粗榧完整葉綠體基因組特性研究

        發表雜志:Conservation Genetics Resources

        發表時間:2018-3

        研究背景:

              粗榧是第三紀瀕危地方性殘留樹種, 具有較高的藥用價值。為了促進其保護遺傳學研究, 本文利用 Illumina 高通量測序技術,對其完整葉綠體基因組進行了組裝。

        研究方法:

              用DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN,German) 從將粗榧鮮嫩葉片中提取基因組DNA,質檢初步合格后,送上海天昊生物有限公司進行高通量DNA測序。利用Illumina HiSeq 2500測序系統共產生了15.4 M 150-bp的raw reads,平均測序深度達到葉綠體基因組的214X,用CLC Genomics Workbench v9 (CLC Bio, Aarhus, Denmark)對數據進行質控,并MITObim v1.9軟件(https://github.com/chrishah/MITObim)對葉綠體基因組進行組裝,以Cephalotaxus oliveri (KC136217)的葉綠體基因組為參考基因組。利用Geneious R10軟件 (Biomatters Ltd., Auckland, New Zealand)對葉綠體基因組進行注釋,并利用OGDRAW軟件(http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de)繪制物理圖譜。系統進化樹利用MEGA6軟件(http://megasoftware.net)進行。

        研究結果:

              葉綠體基因組全長為135646 bp,具有不對稱的堿基組成 (32.5% A、17.6% C、17.5% G和 32.4% T),共編碼了113個unique基因 (包括82蛋白質編碼基因、27個tRNA基因和4個rRNA基因),其中trnQ-UUG具有基因組復制現象。此外,14個基因 (atpF、ndhA、ndhB、petB、petD、rpl2、rpl16、rpoC1、rps12、rps16、trnA-UGC、trnG-UCC、trnI-GAU和trnK-UUU) 具有一個內含子, 另一個基因 (ycf3) 有一對內含子。系統進化分析基本上支持了目前柏目(Cupressales)層次分類的順序, 揭示了粗榧與同源物種蓖子三尖杉的密切關系。

        <


        圖1、粗榧葉綠體基因組的物理圖譜。外圓外側顯示基因按照順時針方向轉錄,而外圓內側

              顯示基因按照逆時針方向轉錄。內圓中的淺虛線區域和深灰色區域分別表示基因組的A+T和G+C含量。

        <


        圖2、基于葉綠體蛋白質編碼基因(protein-coding genes,PCGs)對Cupressales 38種植物的系統發育關系的NJ分析,分類單元為屬級水平

        上海天昊生物科技有限公司 版權所有 滬ICP備17008908號
        地址:上海市浦東新區康橋路787號9號樓 郵箱:techsupport@geneskies.com 電話:400-065-6886
        国产交换配乱婬视频偷,日本高清免费一本视频在线观看,米奇影院888奇米色99在线,久久超碰极品视觉盛宴