• <code id="6xtkq"><small id="6xtkq"></small></code>
    <center id="6xtkq"><em id="6xtkq"><track id="6xtkq"></track></em></center>
    1. <th id="6xtkq"></th>
      <center id="6xtkq"><small id="6xtkq"></small></center>
      <tr id="6xtkq"></tr>
      <code id="6xtkq"></code>

    2. <code id="6xtkq"></code>
      <code id="6xtkq"><em id="6xtkq"><track id="6xtkq"></track></em></code>

        咨詢熱線:400-065-6886   天昊基因

        中文 / English

        主頁 > 技術服務 > 動植物基因組重測序

        技術服務

        動植物基因組重測序

        動植物基因組重測序

        技術簡介:

               全基因組重測序就是對基因組序列已知的物種或個體進行基因組測序,從而對群體或者個體在全基因組水平進行差異性分析,通過與參考基因組進行比對,發現大量的基因序列變異和結構變異,例如單核苷酸多態性位點(SNP),插入缺失(InDel),拷貝數變異(CNV),結構變異(SV)。因此動植物基因組重測序在群體進化,功能基因鑒定,分子標記開發,動植物育種,疾病研究等方面具有非常重要的指導意義。

        應用領域:

             • 動植物群體進化
             • 功能基因鑒定
             • 分子標記開發
             • 動植物育種

        技術優勢:


             • 在全基因組水平進行差異性分析,可以發現大量的SNP,InDel,CNV,SV
             • 可以通過發現的基因序列變異和結構變異快速進行群體進化,功能基因鑒定等方面研究
             • 不存在序列偏好性,具有均一的測序深度
             • 基因組覆蓋度大于95%,Q30>80%,因此覆蓋率高,數據質量優異

        技術參數與實驗流程


        技術參數


        樣本要求 測序策略 數據要求
        • 樣品類型: DNA
        • 樣品需求量:總量>4μg;濃度≥50ng/μL
        • 樣品質量:260/280介于1.7-2.0之間
        樣本無明顯降解
        Hiseq 2×150
        • Q30>80%
        • 基因組30×測序深度
        基因組覆蓋度大于95%

        A.建庫測序流程



        B.數據分析流程

        標準分析內容包括:

             •  1) 原始數據fastqc質控
             •  2) 參考基因組比對
             •  3) 序列統計
             •  4) SNV Calling
             •  5) SNV功能注釋、數據庫注釋
             •  6) SNV Calling可靠性篩選
             •  7) Mutation分析
             •  8) 高頻SNP進行關聯分析
             • 9) 全基因組CNV分析
             • 10) 全基因組SV結構變異分析

        經典文章解讀


        案例:棗椰樹的全基因組測序可以對其多樣化產生新的見解

        背景:

              棗椰樹(Phoenixdactylifera L.)是中東和北非重要的多年生作物,主要生長在炎熱,干旱的棲息地,包括沙漠綠洲,河流灌溉的農場或種植園。其果實可食用,因此是中東和北非干旱地區重要的經濟作物。但是關于棗椰樹的起源進化,仍然不清楚。

        方法:

              來自紐約大學阿布扎比分校的研究人員使用Illumina平臺(HiSeq 2500,2 × 100bp)對來自12個國家的62個棗椰樹品種(其中17個樣本來自北非,36個來自中東;9個原產于南亞)進行全基因組重測序(平均測序深度:20.8 ×)。

        結果:

              在62個棗椰樹品種之間發現了700萬多個單核苷酸多態性。群體結構分析發現在北非和中東/南亞棗椰樹品種之間存在一個明顯的的遺傳分化,推測棗椰樹最初是在中東地區種植,后來傳播到北非。文章還發現了一個轉座子插入突變可引起棗椰樹果實顏色的變化,而與棗椰樹親緣關系很遠的油棕櫚樹也同樣具有這個突變,并且這兩種植物在大約6000萬年前分開進化?!?

        參考文獻:

              Hazzouri, K.M., et al., Whole genome re-sequencing of date palms yields insights into diversification of a fruit tree crop. 2015. 6: p. 8824.

        圖一:62個棗椰樹品種單核苷酸多態性分析

        圖二:棗椰樹群體結構分析。(A)主成分PCA分析。(B)Neighbour-joining tree(c)群體分層

        圖三:棗椰樹基因組中近親繁殖的證據


        上海天昊生物科技有限公司 版權所有 滬ICP備17008908號
        地址:上海市浦東新區康橋路787號9號樓 郵箱:techsupport@geneskies.com 電話:400-065-6886
        国产交换配乱婬视频偷,日本高清免费一本视频在线观看,米奇影院888奇米色99在线,久久超碰极品视觉盛宴