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        咨詢熱線:400-065-6886   天昊基因

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        主頁 &amp;gt; 技術服務 &amp;gt; 多重目的區域甲基化富集測序

        多重目的區域甲基化富集測序

        多重目的區域甲基化富集測序

        技術簡介:

        甲基化是一種非常重要的表觀遺傳學標記信息,參與了包括基因調控、生物發育、疾病發生等多種生物學過程,并且在大多數癌癥中廣泛發現甲基化異常。除了對于全基因組甲基化水平的觀察與研究,對于眾多目的基因的甲基化水平研究則更有針對性和大樣本可行性。使用亞硫酸氫鹽處理DNA后,天昊生物結合目的區域富集和二代測序技術,推出自主研發的多重目的區域甲基化富集測序技術——MethylTarget?,在大幅度降低研究費用的同時實現個性化目的區域甲基化測序。

        技術參數及分析內容


        技術優勢


           • 基于二代測序,可以獲得目的區域內所有C堿基的甲基化數據
           • 1000×的測序深度,精確計算每個位點C堿基的甲基化程度
           • 通量高,可同時對成百上千個區域進行甲基化程度分析
           • 適用于大樣本多區域的DNA甲基化水平檢測

        技術參數及分析內容


        技術路線



        生信分析



        客戶文章解讀

        英文題目:Folate treatment of pregnant rat dams abolishes metabolic effects in female offspring induced by a paternal pre-conception unhealthy diet

        中文題目:父方孕前不良飲食習慣對女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過程逆轉

        期刊名:《Diabetologia》

        發表時間: 2018年5月18日

        影響因子:7.113


        研究背景:

           • 母親孕前或孕期的生活方式可能對后代器官的功能或結構造成永久性的影響和改變;
           • 近期研究發現,父親在精子成熟期或孕前的營養情況也能對子代的器官功能造成永久性的影響;
           • 對于父方營養對子代造成的表觀遺傳學改變的機制尚無深入研究;

        研究方法:

           • 大鼠組別設置:雄性大鼠的高脂-糖-鹽飲食;雌性孕鼠的葉酸飼喂為2個主要組別設置因素(見下圖)
           • 大鼠肝組織RNA測序;肝組織和胰腺組織目的基因RT-PCR
           • 整體和MethylTarget?技術檢測基因特異性DNA甲基化水平
           • 代謝能力和其它指標檢測



        研究結果:

           • 對于父方高脂-糖-鹽飲食組,其雌性后代表現明顯的葡萄糖耐受損傷,可能是肝組織一些關鍵代謝基因表達異常的外在體現;
           • 對于父方高脂-糖-鹽飲食組,其后代表現整體甲基化上升,但一些代謝核心基因的甲基化水平并無顯著變化(可能因為樣本量太?。?;
           • 雄性大鼠孕前不良飲食習慣對女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過程逆轉

        研究意義和結論:

           • 該研究提示,母親孕期服用葉酸,可能能夠改善和治療父方孕前快餐飲食習慣對子代造成的表觀遺傳學不良影響。


        英文題目:Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis revealshypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells

        中文題目:全基因組DNA甲基化研究發現系統性硬化癥患者CD4+ 和CD8+ T細胞的干擾素相關基因表現低甲基化狀態

        期刊名:《J Invest Dermatol.》

        發表時間: 2017年12月5日

        影響因子:6.29


        研究背景:

           • 系統性硬化癥(SSc)也稱為硬皮病,是一種基因,表觀遺傳和環境共同參與并相互作用的多系統自身免疫疾病。
           • 參與系統硬化癥的免疫細胞的整體甲基化狀態尚無深入的研究。

        研究方法:


        研究結果:

           • 全基因組甲基化檢測確定差異甲基化位點后的GO富集分析,發現干擾素相關通路基因在2種T細胞的DMR中都顯著富集。
           • 目的區域甲基化技術檢測第一階段的部分樣本,表明450k甲基化檢測芯片和目的區域甲基化技術結果的一致性非常好,Pearson相關性高達86%和90%。
           • 目的區域甲基化技術在獨立擴大樣本中驗證第一階段獲得的干擾素信號通路基因(16個基因;62個位點),其中5個基因的差以甲基化得到驗證。
           • 通過檢測干擾素信號通路基因的表達量,部分基因的表達量與甲基化程度表現顯著的負相關。
           • 通過檢測血液 IFN-a、IFN-b水平,發現部分干擾素信號通路基因高表達與高IFN-a、IFN-b水平相關。

        研究結論:

           • I型干擾素信號通路在系統性硬化癥患者中表現出表觀遺傳水平上的功能障礙,表明低甲基化和I型干擾素相關基因表達上調可能是SSc發病機制中的關鍵。


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